La classe des reptiles (Reptilia) est divisée en quatre ordres totalisant plus de 8000 espèces :
- Ordre : Crocodilia - Crocodiliens

- Ordre : Rhynchocephalia - Rhynchocéphales

- Ordre : Squamata - Squamates
- Sous-ordre : Amphisbaenia -
- Famille : Amphisbaenidae (contient Blanidae et Cadeidae) -

- Famille : Bipedidae -

- Famille : Rhineuridae (parfois inclus dans Amphisbaenidae) -

- Famille : Trogonophidae -

- Sous-ordre : Ophidia (ou Serpentes) - Ophidiens (ou Serpents)
- Famille : Acrochordidae -

- Famille : Aniliidae (ou Ilysiidae) -

- Famille : Anomalepididae -

- Famille : Anomochilidae -

- Famille : Atractaspididae (ou Lamprophiidae) -

- Famille : Boidae -

- Famille : Bolyeriidae -

- Famille : Colubridae (contient Dipsadinae, Homalopsinae, Natricinae, Pareatinae, Pseudoxenodontinae et Xenodermatinae) -

- Famille : Cylindrophiidae -

- Famille : Elapidae -

- Famille : Hydrophiidae (parfois dans Elapidae) -

- Famille : Leptotyphlopidae (ou Glauconiidae) -

- Famille : Loxocemidae -

- Famille : Pythonidae (parfois dans Boidae) -

- Famille : Tropidophiidae -

- Famille : Typhlopidae -

- Famille : Uropeltidae -

- Famille : Viperidae -

- Famille : Xenopeltidae -

- Sous-ordre : Sauria (ou Lacertilia) -
- Infra-ordre : Diploglossa -
- Famille : Anguidae -

- Famille : Anniellidae -

- Famille : Xenosauridae -

- Infra-ordre : Gekkota -
- Famille : Dibamidae (parfois dans Gekkonidae) -

- Famille : Gekkonidae (contient Carphodactylidae, Diplodactylidae, Eublepharidae, Phyllodactylidae et Sphaerodactylidae) -

- Famille : Pygopodidae -

- Infra-ordre : Iguania -
- Famille : Agamidae -

- Famille : Chamaeleonidae -

- Famille : Corytophanidae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Crotaphytidae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Hoplocercidae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Iguanidae -

- Famille : Leiocephalidae (parfois dans Tropiduridae) -

- Famille : Leiosauridae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Liolaemidae (parfois dans Tropiduridae) -

- Famille : Opluridae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Phrynosomatidae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Polychrotidae (parfois dans Iguanidae) -

- Famille : Tropiduridae (parfois dans Iguanidae) -

- Infra-ordre : Platynota -
- Famille : Helodermatidae -

- Famille : Lanthanotidae -

- Famille : Varanidae -

- Infra-ordre : Scincomorpha -
- Famille : Cordylidae -

- Famille : Gerrhosauridae -

- Famille : Gymnophthalmidae -

- Famille : Lacertidae -

- Famille : Scincidae -

- Famille : Teiidae -

- Famille : Xantusiidae -

- Ordre : Testudines - Testudines
- Sous-ordre : Cryptodira -
- Famille : Carettochelyidae -

- Famille : Cheloniidae -

- Famille : Chelydridae - (contient Platysternidae) -

- Famille : Dermatemydidae -

- Famille : Dermochelyidae -

- Famille : Emydidae -

- Famille : Geoemydidae (anciennement Bataguridae) -

- Famille : Kinosternidae -

- Famille : Testudinidae -

- Famille : Trionychidae -

- Sous-ordre : Pleurodira -
- Famille : Chelidae -

- Famille : Pelomedusidae -

- Famille : Podocnemididae (parfois inclus dans Pelomedusidae) -

Les différents liens dans la classification permettent d'aboutir à 133 espèces de reptiles, soit :
- 122 espèces
dont la répartition comprend de manière naturelle une portion de l'Europe
- 2 espèces
introduites en Europe, de manière volontaire ou non.
- 9 espèces
dont la présence est incertaine en Europe. Il s'agit surtout d'espèces asiatiques dont la répartition se limite à l'Ouest au Kazakhstan ou à la Turquie.
Ces 133 espèces de reptiles sont distribuées de la manière suivante :
- 1 espèce d'amphisbène (sous-ordre Amphisbaenia), soit 1

- 36 espèces de serpents (sous-ordre Ophidia), soit 36

- 86 espèces de lézards (sous-ordre Sauria), soit 75
, 9
et 2 
- 10 espèces de tortues (ordre Testudines), soit 10
